L'«empreinte digitale» du microbiote intestinal peut-elle aider à prédire la récidive du cancer?

Des chercheurs indiquent qu'une «empreinte microbienne» pourrait permettre d'adapter le traitement à chaque patient. Dans une étude1 publiée en avril dans la revue Cell, ils ont découvert qu'une «empreinte microbienne», soit une analyse du microbiote intestinal, pourrait servir de biomarqueur cliniquement exploitable pour guider une thérapie personnalisée.Cette étude internationale, menée auprès de 674 patients, a mis en évidence des différences dans la quantité de certains groupes bactériens clés (taxons) au niveau intestinal, associées à un risque accru de récidive avec une précision allant jusqu'à 94%. Les taxons les plus fortement associés aux variations du risque de récidive étaient Eubacterium, Ruminococcus, Firmicutes et Clostridium.Les patients atteints d'un mélanome à haut risque réséqué reçoivent généralement un traitement adjuvant par inhibiteurs de points de contrôle immunitaire (IPCI). Cependant, le bénéfice clinique reste imprévisible et environ 25 à 40% des patients présentent une récidive. Les chercheurs ont évalué si les caractéristiques du microbiote intestinal avant traitement pouvaient prédire les récidives.Sur le même sujet: Un microbiote intestinal en santé améliore l'effet de l'immunothérapieIls ont analysés des échantillons de selles de 674 patients inclus dans un essai clinique de phase 3 (CheckMate 915) évaluant l'association nivolumab-ipilimumab versus nivolumab en monothérapie dans cinq régions géographiques (Amérique du Nord, Europe de l'Est, Europe de l'Ouest, Australie et reste du monde). Des méta-analyses régionales et interrégionales ont identifié des taxons pré-traitement associés à la récidive, notamment Eubacterium, Ruminococcus, Firmicutes et Clostridium.Chez les individus présentant une forte homologie (divergence de Jensen-Shannon [JSD] ≤ 0,11), l'aire sous la courbe (AUC) pour la prédiction de la récidive variait de 0,78 à 0,94 selon les régions. L'étude a également révélé que la composition du microbiote intestinal restait globalement stable après le traitement. Ces résultats suggèrent que les marqueurs bactériens intestinaux pourraient constituer des prédicteurs rentables de la récidive après un traitement adjuvant par IPCI dans le mélanome.D'après Jiyoung Ahn, auteure principale de l'étude, professeure au Département de santé des populations de la faculté de médecine Grossman de l'Université de New York et directrice adjointe de la recherche sur les populations au centre de cancérologie Perlmutter de NYU Langone à New York, des études antérieures avaient déjà montré que certains taxons interagissaient avec les cellules immunitaires (cellules NK et lymphocytes T) de manière à modifier la réponse des patients aux immunothérapies. Ces bactéries pourraient également affecter l'apport en sucre, carburant de la croissance des cellules cancéreuses.Votre lieu de vie a son importanceL'équipe a découvert que le microbiome intestinal était un puissant indicateur de récidive du mélanome, avec toutefois une nuance importante. Les marqueurs bactériens qui signalent le plus précisément le risque de récidive varient selon le lieu de vie du patient. En effet, les patients ont été répartis aléatoirement en fonction de la similarité globale de leur microbiome intestinal, indépendamment de leur lieu de résidence. Les chercheurs ont ainsi pu identifier des «empreintes digitales» bactériennes permettant de prédire avec précision la récidive du cancer dans chaque région. En analysant la séquence ou l'ordre des éléments constitutifs de l'ADN de toutes les espèces bactériennes présentes dans l'intestin des patients, les chercheurs ont établi une liste des espèces présentes ou absentes lors des récidives de mélanome.Découvrez aussi: Le microbiote se transmet entre membres d'un même ménage, montre une étudeÀ l'aide d'une mesure standard de similarité microbienne, l'équipe a constaté qu'une signature dérivée de patients nord-américains pouvait prédire avec précision la récidive chez des patients d'autres régions du monde, à condition que ces patients présentent une empreinte digitale similaire. Les niveaux de ces marqueurs permettent de prédire la récidive du cancer avec une précision allant de 83% à 94%, selon la région géographique.Selon Jiyoung Ahn, cette étude propose une nouvelle méthode qui s'affranchit des barrières géographiques, suggérant que ces marqueurs sont effectivement généralisables si l'on tient compte du microbiote intestinal de chaque individu. L'équipe de recherche a également constaté que le microbiote intestinal restait remarquablement stable chez les patients tout au long de leur année d'immunothérapie.On espère qu'un simple test du microbiote réalisé avant le traitement permettra de prédire de manière fiable le risque pour un patient. Toutefois, ces résultats devront être validés pour d'autres types de cancers et des bases de données diversifiées seront nécessaires pour que cette approche soit cliniquement applicable. À l'avenir, les chercheurs envisagent d'analyser le microbiote d'un patient avant le traitement, de le comparer à une base de données mondiale, puis de fournir un pronostic fiable qui orientera la thérapie dès le début.Référence: Usyk M, Hayes RB, Knight R, Gonzalez A, Li H, Osman I, Weber JS, Ahn J. Gut microbiome is associated with recurrence-free survival in patients with resected high-risk melanoma receiving adjuvant immune checkpoint blockade. Cell. 25 Juin 2026;189(13):3940-3949.e14. doi: 10.1016/j.cell.2026.03.041. Epub 17 Avril 2026. PMID: 41999744; PMCID: PMC13187921.

L'«empreinte digitale» du microbiote intestinal peut-elle aider à prédire la récidive du cancer?

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